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user:group stimmen, das hatte ich gleich zu Anfang ausgeschlossen. Löschen von Cache habe ich auch mehrfach versucht.

Ich habe jetzt die Ursache gefunden, aber noch nicht ganz verstanden wie bzw. warum die Auswirkungen sind wie sie sind. Vielleicht kann mich jemand aufklären.
Ich habe unter /etc/openhab/ einen Ordner /bin in dem ich alle Scripte eingepflegt habe. Auf Grund meiner Umbaumaßnahmen haben 2 Scripte nicht mehr richtig gearbeitet und ich musste den Code anpassen. hierzu habe ich die Scropte, die von OH in bestimmten Zyklen ausgeführt werden händisch angestoßen um die Auswirkung der Änderung des Codes zu sehen. Hier scheint das Problem gelegen zu haben. Mutmaßlich viel OH immer dann aus, wenn das System ein Script ausführte und zusätzlich dieses auch von Hand gestartet wurde.
Komischer weise ließ sich dies nur durch remove und ein erneutes install von OH beheben. Daher muss der verursachte Konflikt sehr weitreichend gewesen sein. Nur wo war dieser??
Nach dem ich hier den Fehler vermutet habe, legte ich mir im home Verzeichnis eine kopie des /bin Ordners an und führte von nun an hier alle Änderungen durch. Obwohl beide Scripte (in /etc/openhab/bin und /home) auf die gleichen ein und Ausgänge (GPIO's) zugreifen, habe ich seither nicht einen Ausfall zu beklagen. Also kann es schon einmal nicht an einem Doppelzugriff der E/A's liegen.

Vielleicht hilft meine Erkenntnis hier dem ein oder anderen, aber ich würde gerne verstehen wo eine Kollision der Scripte das komplette Programm abgeschossen hat.

Liebe Grüße

Genaueres kann ich jetzt nicht dazu sagen, weil Deine Beschreibung hier nicht genug belastbare Details enthält
Aber ganz grundsätzlich: openHAB hat eine sehr genaue Vorstellung davon, wie die Verzeichnisse auszusehen haben (und natürlich auch, wo sich was befinden sollte).
Ausgerechnet ein bin-Verzeichnis dürfte auch ziemlich heikel sein, weil das im Konfigurationszweig halt nichts zu suchen hat.

Der bessere Platz für solche eigenen Scripte wäre übrigens (wenn man sie nicht unter /usr/local/bin/ ablegen mag) ein
Verzeichnis /var/lib/openhab/scripts/. /var/lib/openhab/ ist gewöhnlich das "home" Verzeichnis des Users openhab.