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Danke für die Hilfe.
Stimmt, ich habe die Fehlermeldung gekürzt.
Ich habe nun das Java AddOn installiert, die Blockly-Rules aufgerufen und gesichert und es hat geholfen.
Die Rules laufen wieder.
Ich habe das AddOn "JavaScript Scripting" installiert und nicht "JavaScript Scripting (Nashorn)" und auch nicht "JRule - openHAB Rules using Java" - war das richtig oder sollte ich lieber eins der anderen installieren?

Nun muss ich mal nachsehen, ob es weitere Fehlermelden gibt.

Wenn die Installation von GraalVM (JavaScript Scripting) ausgereicht hat, um so besser Nashorn wäre nur notwendig, wenn Du JavaScript Rules hast, die Funktionen nutzen, die unter GraalVM nicht (bzw. nur in sehr veränderter Art) zur Verfügung stehen.

Grundsätzlich gibt es meines Wissens keine Regressions von Nashorn zu GraalVM, wohl aber verschiedene Funktionen, die stark verändert wurden, was dann halt Anpassungen im Code notwendig macht. Kommt nur drauf an, ob Du solche Aufrufe nutzt

Ich greife dieses Thema noch einmal auf, weil inzwischen mehrere Versuche des Umsteigens von 3.4.5 auf 4.0.4 gescheitert sind.
Meine Voraussetzungen Openhab im Docker auf einer Synology. Dafür habe ich ein neues Verzeichnis (Openhab4) mit den benötigten Unterverzeichnissen angelegt. Also alles sauber voneinander getrennt. Nach dem Erstellen eines neuen Portainer Stack's wurden die Things im textbasierten Format eingefügt. Dafür hatte ich mir aus der 3.x.x Version vorher Kopien angefertigt.
An dieser Stelle kam die erste negative Überraschung: Die Log zeigte erschreckend viele Fehler an. Das Einfügen eines textbasierten Items war gar nicht möglich. Als nächstes habe ich dann die uuid bzw. den Secret Code unter "myopenhab.org" geupdatet. Es hat zwar einen Moment gedauert, aber kurz darauf war ich in der Cloud wieder Online. Die Fehlermeldungen wurden nach einem Neustart allerdings auch nicht weniger.

Meine letzte Idee wäre, den Openhab Account zu löschen und einen neuen mit anderen Zugangsdaten anzulegen. Ob es was bringt weiß ich noch nicht, deshalb Frage ich mal vorher: gibt es noch andere Ansätze zur Fehlerreduzierung? An der textbasierten Variante möchte ich schon festhalten, da sie auf dem PC mal schnell überprüft oder geändert werden kann. Außerdem ist ein Zugriff über Codeserver möglich, der mir ja ohnehin nur die textbasierten Dateien anzeigt.

Fehlermeldungen bedeuten erst mal nur, dass Du Fehler in Deinen Dateien hast.
Es ist dabei irrelevant, dass die Dateien unter 3.4 einwandfrei funktioniert haben

Weiterhin ist es (erst mal) irrelevant, auf welcher Basis openHAB läuft, ob nun nativ unter Windows, MacOS oder GNU/Linux oder in einem Docker Container, in jedem Fall ist die Konfiguration innerhalb openHAB identisch möglich.
Die größten Unterschiede ergeben sich im Umfeld, weil es z.B. auf Windows Rechnern völlig andere Verzeichnisse gibt, außerdem funktioniert der Hardwarezugriff anders als in GNU/Linux. Dieser Punkt gilt natürlich besonders auch für Docker, wo noch hinzu kommt, dass diverse "Standard Software", welche bei der empfohlenen openHABian Installation auf einem Raspberry Pi "einfach so" da ist, im Container nicht zur Verfügung steht. Das ist aber immer 3rd Party Software, die halt bei Docker über eigene Container nachgerüstet werden muss, es ist also lediglich ein anderer Weg zum Ziel nötig (z.B. Frontail für Logzugriff über Browser geht auch unter Docker)

Mein Tipp:
Füge die Dateien schrittweise hinzu. Top-Down wäre meine Empfehlung, das heißt, Du beginnst mit den Things, anschließend die Items, dann Sitemaps und zuletzt Rules. Beiwerk wie Transformations usw. halt in der entsprechenden Phase.

Zeig die Fehlermeldungen - wenn es zu viel Text ist, zeige immer nur die ersten Zeilen jeder Meldung (Uhrzeit [Error] - ... at <Rest weg>)

Ok, zunächst einmal muss ich dann noch erwähnen, dass die Version 3.4.5 auf der Synology im Docker unter einer Linux Version fehlerfrei läuft. Den von dir vorgeschlagenen Weg ich noch gehen, obwohl es sehr viel Zeitaufwand ist, jedes mal den Container neu zu starten.
Bevor ich allerdings einen erneuten Versuch starte möchte ich mal von dir hören, ob es überhaupt etwas bringt, einen neuen Account für die Version 4.0.4 einzurichten und den alten zu löschen.

Vielen Dank im Voraus!

Wieso zeitaufwändig? Du musst lediglich ohne jegliche Textkonfiguration starten und dann nach und nach die Dateien hinzufügen, openHAB liest die Dateien dynamisch nach.

Was MyopenHAB betrifft: das verwende ich nicht, ich habe keine Ahnung, ob das Einrichten eines neuen Accounts irgendwelche Änderungen bewirken wird.

Der nächste Versuch, so wie du es vorgeschlagen hast. Nach der Neuinstallation von OH4 über Portainer waren in der Log noch keine Meldungen. Es schien so, als lief alles fehlerfrei.
Ich hatte mich vorher schon durch verschiedene Foren gelesen und dabei heraus gefunden, dass etliche Nutzer Probleme nach der Installation des Shelly Bindings hatten. Also installierte ich dieses zuerst. Tja, ohne überhaupt nur ein Thing installiert zu haben, übergab mir die Log folgende Error Warnung:
Ich hoffe, du kannst damit etwas anfangen.

Läuft der Container mit dem host Netzwerk?

yes

Schade. Ansonsten hab ich gerade keine Idee, warum MDNS nicht korrekt läuft.

Wie sieht denn Deine Container Konfiguration genau aus?