Es geht bei Docker auch darum, Dienste sauber zu trennen, wenn Du da direkt zu Beginn schon die Regeln brichst, kannst Du es auch sein lassen
Es ist auch nicht der beste Ansatz, immer wieder von 0 anzufangen. Unter der Voraussetzung, dass Docker sauber aufgesetzt ist, kannst Du einfach die Container wegwerfen und neu erzeugen lassen. Da sich das Erzeugen der Container darauf beschränkt, die yaml-Datei ausführen zu lassen (ob nun per docker-compose oder per Portainer bleibt sich dabei gleich), ist das auch mit einem Handgriff erledigt. Solange du nicht massiv im Host selbst rumschraubst, wird nichts, was Du anstellst (in Docker, Portainer oder einem der Container) negative Auswirkungen auf die Stabilität haben - aber das ständige Neuaufsetzen kostet unnötig Zeit und im Zweifel Nerven.
Provokante Frage (aber durchaus ernst gemeint): Warum möchtest Du Zugriff per Windows Freigabe?
Ich weiß, openHABian richtet das so ein, und ja, ich habe das auch jahrelang genutzt, um die Textdateien per Editor direkt vom Windows PC aus bearbeiten zu können.
Dazu möchte ich aber anmerken: Ich mache das (inzwischen ebenfalls seit Jahren) nicht mehr so.
Es gibt verschiedene Alternativen, angefangen mit einer Remote Sitzung in VS Code, über Code Server (auch als Container - "VS Code im Browser" - Achtung! Nur mit 64-Bit verfügbar) bis hin zu Abgleich der Konfiguration über git (sicher etwas spezieller).
Gerade die Remote-Variante ist äußerst komfortabel, wenn man es korrekt einrichtet
aber auch Code-Server ist überaus praktisch, vor allem weil man es von jedem PC aus nutzen kann, der den Host erreichen kann - auch über Wireguard, falls das Netzwerk mitspielt. Selbst ein Zugriff vom Tablet funktioniert gut, und auch vom Smartphone ginge es, nur ist das Display dort einfach "etwas" klein, um einigermaßen vernünftig zu arbeiten, und die Bildschirmtastatur macht es dann nicht besser, aber es soll ja Leute geben, die für den Notfall eine Bluetooth Tastatur dabei haben... 
Werde mich in einer ruhigen Stunde noch mal daran machen