Erst mal: Es gibt verschiedene Persistences. Aber alle Persistences sind gleich konfigurierbar, unabhängig davon, ob die bestimmte Persistence hierfür überhaupt geeignet ist.
rrd4j ist eine RoundRobin Datenbank, das heißt, jedes Mal, wenn ein Wert in ide Datenbank geschrieben wird, wird auch ein Wert gelöscht (nämlich der älteste). Gleichzeitig arbeitet rrd4j mit verschiedenen Containern mit unterschiedlicher zeitlicher Auflösung. Die jüngsten Daten stehen in Zehn-Sekunden-Auflösung zur Verfügung, d.h. es dürfen maximal 6 Messwerte pro Minute erfasst werden. Auf der anderen Seite möchte man aber möglichst genaue Werte erfassen, auch in der zeitlichen Auflösung. Wenn ein Wert sich ändert, soll also vielleicht dennoch der Wert erfasst werden, mit einem Sub-Sekunden genauen Zeitstempel. Intern werden die Werte automatisch verrechnet und der Durchschnittswert wird dann in den nächstgröberen Container geschrieben, bis hin zum gröbsten Container, der dann Messwerte für mehrere Jahre enthält, aber halt nur den Tagesdurchschnitt. Durch dieses RoundRobin Verfahren hat man eine grobe Auflösung über einen langen Zeitraum und eine feine Auflösung über einen kurzen Zeitraum, was dem normalen Datenzugriff entspricht (die letzten Stunden sind im Detail interessant, die letzten Jahre eher als grober Vergleichswert). Udn weil die Anzahl der Datensätze konstant ist, ist auch die Dateigröße konstant, was ungemein praktisch ist

Wenn Du Items nicht in der Persistence konfigurierst, werden diese auch nicht persistiert, mit einer Ausnahme, und zwar, wenn Du gar keine Konfiguration anlegst, dann wird openHAB einfach alle Items mit everyMinute, everyChange persistieren - um es Einsteigern zu erleichtern...
Nun gibt es aber ein Problem, das besteht darin, dass openHAB vollständig asynchron läuft. Das heißt, beim Start des Systems werden "einfach" mehr als hundert Threads gestartet, jeder mit einer bestimmten Aufgabe. Es gibt dabei keine bestimmte Reihenfolge, und die Threads erledigen einfach ihren Job. Z.B. gibt es einen Thread, der rrd4j ausführt, einen weiteren Thread, der Items anlegt, und noch einen Thread, der die Persistence Konfiguration einliest. Es kann also passieren, dass Items bereits angelegt sind und ide Persistence schon läuft, aber keine Konfiguraiotn in die Persistence hineingeladen wurde. Und in diesem Moment werden dann halt alle Items persistiert.
Gewöhnlich passiert das aber nur sehr selten, und es stört ja nicht weiter

solange man nicht über Dateien stolpert, die es eigentlich nicht geben dürfte.
Natürlich kann es auch sein, dass ein Item bereits existierte, bevor man überhaupt die Persistence konfiguriert hat, dann wird es auch für dieses Item Daten geben.
Ob für Deine Daten eine rein zeitliche Erfassung sinnvoll ist, kommt auf Deine Daten an. Mein Stromzähler liefert z.B. jede Sekunde zwei Messwerte (Bezug und Einspeisung), die möchte ich schon sekundengenau erfassen (immer dran denken, rrd4j errechnet automatisch die korrekten Durchschnittswerte), entsprechend ist da bei mir auf jeden Fall everyChange zusätzlich angegeben.