Nein,. das ist für das Upgrade auf bullseye komplett irrelevant. Wenn Du das Upgrade auf dem von mir beschriebenen Weg durchführst (also nicht über openhabian-config, das ist wirklich wichtig), dann wird er das Upgrade ausführen. Wäre interessant gewesen, was da als Fehlermeldung kam...
Es ist übrigens ebenfalls interessant, dass bei Dir die neue openHAB-Version mit dem Backup der alten Version auf Anhieb gelaufen ist, das ist eher ungewöhnlich

Was Phoscon betrifft, so wird es eher so sein, dass Du zusätzliche Dateien sichern musst, damit nach einer Neuinstallation die alten IDs wieder vorhanden sind. Allerdings kenne ich mich mit dem Krempel nicht aus, ich hab so was nicht. Aber Phoscon ist nicht Bestandteil von openHAB, openHAB greift lediglich auf den Bus zu, alles andere ist externe Software, um die sich ein Backup von openHAB nicht kümmert.
openHAB bis einschließlich OH3.4.5 bietet das JS Transformation Addon an. Damit ist JavaScript die einzige Scriptsprache, mit der man in diesen Versionen über eine Transformation Status manipulieren kann. Für openHAB4 wollte man das verbessern und hat nach einigem Hin und Her auch eine gute Lösung gefunden, die sieht so aus, dass sich die Scripting Engine auch um Transformations kümmert.
Man kann nun also nicht nur in JavaScript Transformations schreiben, sondern z.B. auch in DSL, Groovy oder Jython (wobei Letzteres nicht gut unterstützt ist, also am besten Finger weg, wenn Du kein Python Vollprofi bist...)
Nun gibt es also kein JS Transformation Addon mehr. Stattdessen musst Du die JavaScript Scripting Engine installieren (Achtung, die gibt es zweimal, und zwar als aktuelle Version, GraalVM, und als veraltete Version, Nashorn). Wenn es keine zwingenden Gründe gibt, solltest Du die alte Version links liegen lassen.
Diese Addons tauchen auf der Seite Automation auf, wenn ich es noch richtig im Gedächtnis habe... Aber die Suche sollte immer funktionieren, Du darfst nur nicht nach JS suchen, sondern eher nach JavaScript oder alternativ nach Scripting